原子分子纳米科学教育部重点实验室
清华大学生命有机磷化学及化学生物学教育部重点实验室
有机光电子与分子工程教育部重点实验室
蛋白质科学教育部重点实验室
生物信息学教育部重点实验室

科技部新材料模拟设计实验室

蛋白质药物北京市重点实验室
抗肿瘤蛋白质药物国家工程实验室
生物芯片北京国家工程研究中心 （现属于医学院）